Οι Μαραθώνιοι Καινοτομίας (ή αλλιώς  Hackathons) αποτελούν μια σημαντική δράση δικτύωσης και συνεργασίας σε καινοτόμες εφαρμογές και έχουν αναγνωριστεί από τον Ο.Ο.Σ.Α. ως μια από τις πιο αποτελεσματικές ενέργειες προαγωγής της κουλτούρας καινοτομίας σε μια οργάνωση ή στη δημόσια διοίκηση γενικά. Η οργάνωση και η διεξαγωγή Μαραθώνιων Καινοτομίας αναδεικνύει την ανάγκη για υιοθέτηση σύγχρονων διαδικασιών εισαγωγής της καινοτομίας στο δημόσιο τομέα, για την ανάπτυξη καινοτόμων υπηρεσιών και προϊόντων, τα οποία στοχεύουν να βελτιώσουν την ποιότητα ζωής των πολιτών. 

Το Τμήμα Καινοτομίας και Βέλτιστων Πρακτικών, έχει ήδη συμμετάσχει στις εργασίες σχεδιασμού του «Hackathon for Health and Wellness Crete 2024» που πραγματοποιήθηκε από το Παρατηρητήριο Καινοτόμου Επιχειρηματικότητας της Περιφέρειας Κρήτης, και έχει θέσει ως βασικό στόχο την ανάδειξη μέσα από σχετικές δράσεις, ενός επιτυχημένου μοντέλου Hackathons για τις ανάγκες των Περιφερειών, τα οποία μπορούν να προσαρμοστούν σε προκλήσεις που αφορούν τη λειτουργία της δημόσιας διοίκησης με σκοπό να υιοθετηθούν από περισσότερες Περιφέρειες της χώρας.

Στο πλαίσιο προώθησης της καινοτομίας στη δημόσια διοίκηση συμπεριλαμβάνεται ένα σύνολο ενεργειών στα οποία μπορεί να συμμετέχει ο δημόσιος τομέας και πλαισιώνουν τους Μαραθώνιους Καινοτομίας στα διάφορα στάδια τους: α)στην εναρκτήρια εκδήλωση, β) στο διήμερο διαγωνιστικό πλαίσιο του Μαραθώνιου Καινοτομίας και γ) στη βράβευση.

Οι Μαραθώνιοι Καινοτομίας σχεδιάζεται μελλοντικά να ενσωματωθούν συντονισμένα στον σχεδιασμό των Περιφερειών καθώς και άλλων Δημόσιων Οργανισμών της Χώρας, για την ενίσχυση της καινοτομικότητάς του και των δεξιοτήτων των δημοσίων υπαλλήλων.